除环境消毒外，三氯异氰尿酸是水产养殖、种植业不可或缺的消杀与水质改良药剂，在农业生产中发挥着关键作用。

在水产养殖行业，它是主流水体消毒剂。池塘、网箱、鱼缸等各类养殖水体中，定期泼洒稀释后的药剂，可杀灭水体中的致病菌、寄生虫卵，预防鱼、虾、蟹、贝类等水产动物患上烂鳃、赤皮、水霉、白斑等常见病害。同时，它能分解水体中的有机物，抑制蓝藻、绿藻等有害藻类疯狂繁殖，改善水质浑浊、发臭问题，调节水体生态环境，提升养殖成活率。此外，养殖工具、渔网、增氧设备、运输容器浸泡消毒，也可借助本品切断外源病菌带入。

在农业种植方面，用途同样广泛。一方面可对农田灌溉水、蓄水池进行消毒，净化水源，减少病菌随水流侵染作物；另一方面能用于大棚、果园、苗圃的棚体、农具、育苗盘消毒，预防土传病害、苗期病害。针对果蔬、花卉的植株表面，合理稀释喷施，可防治部分真菌、细菌性病害，抑制霉菌滋生，且残留低，符合农业生产安全要求。另外，畜禽养殖圈舍、食槽、饮水槽、排泄物堆放区，用其喷洒消毒，可杀灭畜禽致病菌，降低畜禽疫病发生率，净化养殖圈舍空气。