除水处理外，养殖与农业领域是三氯异氰尿酸用量极大的应用场景，主要集中在水产养殖、畜禽养殖与种植业消毒防疫。

水产养殖中，它是常用的水体改良与杀菌药剂。可用于鱼塘、虾池、蟹塘等水体消毒，杀灭水体中的病原菌、寄生虫卵，预防鱼虾暴发性疾病；同时能改善底质、分解部分有机物，减少水体发黑发臭，稳定养殖环境，对提高养殖成活率作用显著。

畜禽养殖领域，三氯异氰尿酸多用于圈舍、场地、器具、车辆及进出人员通道消毒。鸡舍、猪舍、牛棚等环境容易滋生细菌、病毒，定期使用可有效杀灭致病菌，降低流感、肠道疾病等传染性疫病的传播风险，保障畜禽健康生长。

在农业种植方面，它可用于种子消毒、土壤预处理及大棚环境消毒。种子浸泡处理能杀灭表面携带的病菌，减少苗期病害；温室大棚消毒可抑制霉菌、细菌滋生，降低霜霉病、灰霉病等病害发生率；部分作物叶面消毒与土壤杀菌也会用到，助力农作物稳产增收。

养殖与农业防疫需求大、使用频次高，使三氯异氰尿酸在该领域保持持续且大量的应用。